O povoamento da região de Capivari de Baixo começou no século XVIII com o deslocamento da colônia de Santo Antônio dos Anjos, de Laguna, por volta de 1721. Os primeiros habitantes desta região foram os tupi-guarani, mais conhecidos como Carijó, que posteriormente tiveram os imigrantes açorianos, portugueses e italianos para compartilharem as suas terras.
A origem do nome Capivari de Baixo vem do significado da palavra “Capivary”, que no dicionário Tupi-Guarani, de Silveira Bueno, significa Rios das Capivaras. A este rio os índios denominam “Capivary” e assim deu origem ao nome. Capivari de Baixo surgiu em função de esta ser a parte final do rio que tem nascente no município de São Bonifácio.
Até 1941 Capivari era uma região agrícola, até que a criação da Companhia Siderúrgica Nacional (CSN), em 1945, provocou um aumento considerável na população e, assim, Capivari tornou-se um imenso canteiro de obras com operários bem pagos.
Em 2 de setembro de 1985 o então vereador Luiz Carlos Brunel Alves apresentou projeto transformando o bairro de Capivari em distrito, aprovado por unanimidade na Câmara de Vereadores de Tubarão. A Lei criando o distrito foi sancionada em 4 de julho de 1986 pelo prefeito Miguel Ximenes de Melo Filho.
Em 13 de outubro de 1986 foi homologada a Lei que criou o distrito de Capivari de Baixo pelo governador do Estado Esperidião Amin Helou Filho, depois de aprovada pela Assembléia Legislativa.
No dia 18 de outubro de 1987 foi instalado oficialmente o distrito de Capivari de Baixo em ato solene na praça da matriz, com inauguração do monumento alusivo ao acontecimento, sendo prefeito de Tubarão Miguel Ximenes de Melo Filho – na interinidade de Luiz Carlos Brunel Alves. No dia 21 de agosto de 1991 foi criada comissão de emancipação.
Em 15 de março de 1992 foi realizado o plebiscito e aprovada a emancipação com 4.377 votos a favor. No dia 27 de março do mesmo ano foi aprovada pela Assembléia Legislativa a criação do município de Capivari de Baixo, desmembrando-o de Tubarão.
No dia 30 de março de 1992 o governador Vilson Pedro Kleinubing sancionou a Lei nº 8.556 criando oficialmente o município de Capivari de Baixo. No dia 1o de janeiro de 1993 foram empossados o prefeito Nilton Augusto Sachetti e seu vice, Amadeu Felipe Maciel da Luz, os primeiros administradores do município.
No dia 1º de janeiro de 1997 foram empossados o prefeito Luiz Carlos Brunel Alves e o vice Gilson Cruz.
Em 1º de janeiro de 2001 foram empossados o prefeito Luiz Carlos Brunel Alves e o vice Nivaldo de Sousa.
Em 1º de janeiro de 2005 foram empossados o prefeito Moacir Rabelo da Silva e o seu Vice Araildo Domingos Machado Liberato.
Em 1º de janeiro de 2009 foram empossados o prefeito Luiz Carlos Brunel Alves e o vice Nivaldo de Sousa.
Em 1º de janeiro de 2013 foram empossados o prefeito Moacir Rabelo da Silva e o vice Sebastião da Rocha Costa.
Depois de dois mandatos como vice-prefeito, Nivaldo de Sousa candidata-se a prefeito nas eleições de 2016, tendo como vice, Aurimar da Silva. Eleitos, ambos tomaram posse no dia 1º de janeiro de 2017 e cumpriram seus mandatos até 31 de dezembro de 2020.
Em 1º de janeiro de 2021, tomaram posse o prefeito Vicente Corrêa Costa e a vice-prefeita Márcia Roberg Cargnin, eleitos no pleito de outubro de 2020. Em 02 de fevereiro de 2023, Vicente é afastado judicialmente em face de investigação policial, e em razão disso, Márcia toma posse interinamente no mesmo dia. Em 17 de julho de 2023, Vicente renuncia ao cargo e Márcia Roberg Cargnin assume a titularidade, tornando-se a primeira prefeita mulher do Município.